1941年12月8日，日本偷袭珍珠港，日美宣战，第二次世界大战爆发，北平很快沦陷；协和护校面临着前所未有的困境。1943年春天，王琇瑛随协和护校的同事，奔赴重庆，重振旗鼓。到达华西坝后，大家化悲痛为力量，以最高的效率开展成都的复校工作。王琇瑛和聂校长他们遇到了在北平所从来没遇到过的困难；经历了千辛万苦，协和高级护士学校按计划于1943年9月在成都正式开学。1943～1946年，协和护校在成都共招收了三班学生，约五十余名，另外还举办了一届两年制的进修班。在此期间，王琇瑛被任命为副教授。

　　1945年，抗战胜利。1946年6月，王琇瑛随护校迁回北京，任护理系主任；坎坷的生活暂时得到了平静。但不幸的是好景不长，由于政局不稳，物价飞涨，人心惶惶，市民生活又一次陷入困境。王琇瑛在1947年的护士节上，发表了热情洋溢、感人肺腑、催人奋进的讲演，给全国数以万计的护士以振奋的精神和鼓舞的力量。
1949年，新中国成立，百业待兴，万象更新。王琇瑛被选为中华护理学会副理事长，这为她提供了又一个崭新而广阔的舞台。在这个舞台上，她贡献了自己对护理事业所有的热爱和力量。1950年，中华护理学会第十七届代表大会在北京召开，邓颖超同志被聘任为中华护理学会名誉理事长，体现了党和政府对我国护理事业的关怀与支持，给予了全国护理工作者极大的鼓舞和激励。从这一届到1987年，王先生连续三届被推选为中华护理学会副理事长。在任期间，她以身作则、任劳任怨，出色地完成了各项工作。

　　1951年，朝鲜战争爆发,中国人民雄赳赳，气昂昂，跨过鸭绿江，掀起了抗美援朝，保家卫国的热潮。1952年，王琇瑛先生代表中华护理学会组织了第一批抗美援朝护士教学队；她亲任队长赴沈阳军区总医院培训了50名护士骨干，并到鸭绿江边考察战场救护工作，积极进行有效的指导。
1954年4月，王琇瑛到北京市卫生局教育科、医政科工作，协助整顿全市中专护士、医士、助产、卫生学校；并于当年创办《护理杂志》，正式出版双月刊，王琇瑛任编委会主任编委。1956年王先生兼任北京市第三护士学校校长。

　　1960年，北京第二医学院成立，吴阶平教授担任第一任院长。第二年，在卫生部崔月犁部长和彭真、谭壮等领导的亲切关怀下，王先生终于实现了多年来一直期望创办高等护理教育的愿望——建立起了北京第二医学院护理系。北二医的护理系也成为了新中国成立后的第一个护理系，王琇瑛和王瑞兰、郭连捷一起，在这里洒下了辛勤而喜悦的汗水。1961年的4月，护理系招收了24名同学，他们都是北京市各个医院的先进工作者，其中有21名于1965年顺利毕业，在各自的岗位上发挥了更大的作用。1965年，护理系招收了第二批学生；但是，很快就遇到了十年浩劫的文化大革命的影响而被迫停办了。